适合谁
- 药物发现与计算化学研究人员
- 需要通过 AI 助手查询 ChEMBL 数据的生物信息学团队
- 熟悉 Node.js 或 Docker 的开发者
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75FMRS · B
该服务器通过 27 个工具和资源模板将 ChEMBL 化学数据库接入 MCP 生态，覆盖化合物、靶点、活性、药物与性质分析，适合药物发现场景的研究人员。作为非官方项目，需注意许可证不确定、文档不一致及对 ChEMBL API 的依赖，建议先小规模验证再用于正式研究。
由 Augmented Nature 开发的非官方 MCP 服务器，基于 ChEMBL REST API 提供化合物检索、靶点分析、生物活性数据、药物开发信息和化学性质分析等 27 个专用工具，并通过 URI 模板直接访问 ChEMBL 数据。服务器通过 stdio 通信，需 Node.js v16+，支持 Docker 部署。注：README 描述与工具列表存在不一致（正文称 22 个工具，更新日志称 27 个）。
工具能力
search_compounds
按化合物名称、同义词或标识符搜索 ChEMBL 数据库
get_compound_info
按 ChEMBL ID 获取化合物详细信息
search_by_inchi
按 InChI key 或 InChI 字符串查找化合物
get_compound_structure
以 SMILES、InChI、MOL、SDF 等格式获取化学结构
search_similar_compounds
使用 Tanimoto 相似度查找化学相似化合物
search_targets
按名称或类型搜索生物靶点
get_target_info
按 ChEMBL 靶点 ID 获取详细靶点信息
get_target_compounds
获取针对特定靶点测试过的化合物
search_by_uniprot
按 UniProt 登录号查找 ChEMBL 靶点
get_target_pathways
获取与靶点相关的生物通路
search_activities
搜索生物活性测量和实验结果
get_assay_info
按 ChEMBL 实验 ID 获取详细实验信息
search_by_activity_type
按活性类型和数值范围查找生物活性数据
get_dose_response
获取剂量-反应数据和活性谱
compare_activities
比较多个化合物的生物活性数据
search_drugs
搜索已批准药物和临床候选药物
get_drug_info
获取药物开发状态和临床试验信息
search_drug_indications
搜索治疗适应症和疾病领域
get_mechanism_of_action
获取作用机制和靶点相互作用数据
analyze_admet_properties
分析 ADMET（吸收、分布、代谢、排泄、毒性）性质
calculate_descriptors
计算分子描述符和理化性质
predict_solubility
预测水溶性和渗透性
assess_drug_likeness
使用 Lipinski 五规则等指标评估类药性
substructure_search
查找包含特定子结构的化合物
batch_compound_lookup
批量高效处理多个 ChEMBL ID（1-50 个）
get_external_references
获取外部数据库（PubChem、DrugBank、PDB 等）链接
advanced_search
带多个化学和生物学过滤条件的复杂查询
安装接入
- 克隆仓库；2. 运行 npm install 安装依赖（需 Node.js v16+）；3. 运行 npm run build 构建；4. 在 MCP 客户端配置中添加 {"mcpServers":{"chembl":{"command":"node","args":["/path/to/chembl-server/build/index.js"]}}}；5. 或使用 Docker：docker build -t chembl-mcp-server . 后 docker run -i chembl-mcp-server。
claude_desktop_config.json
{"mcpServers":{"chembl":{"command":"node","args":["/path/to/chembl-server/build/index.js"],"env":{}}}}
选型与风险
不适合谁
- 需要官方 ChEMBL 支持保障的生产环境（本项目为非官方）
- 无 Node.js/Docker 环境的用户
- 与 ChEMBL 无关的通用数据库任务
所需权限
- 需要访问 https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data 的出站网络请求
- 仅读取公开 API 数据，无需身份验证凭据
风险与副作用
- 非官方项目，许可证标注为 NOASSERTION（README 声称 MIT），许可状态需自行核实
- 数据准确性依赖 ChEMBL REST API，服务器可能存在解析或校验缺陷
- 30 秒请求超时可能限制大批量查询
- README 中工具数量（22 与 27）不一致，文档可靠性存疑
常见排障
- 确认 Node.js 版本为 v16 或更高且已运行 npm run build
- 检查对 ebi.ac.uk 的网络连通性与防火墙设置
- 验证 ChEMBL ID 格式（如 CHEMBL25）是否正确
- 大批量查询超时时降低 limit 或减少批量 ID 数量
- 查看 MCP 客户端日志获取具体错误信息
使用场景
按名称或 ChEMBL ID 查询化合物及其结构、性质
靶点分析与靶点相关化合物检索
IC50/Ki 等生物活性数据搜索与跨化合物比较
已批准药物、适应症与作用机制查询
ADMET、分子描述符、类药性评估等性质分析
相似度与子结构搜索、批量 ID 处理
支持客户端
Claude Desktop部分支持