ChEMBL MCP Server

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通过 MCP 高级访问 ChEMBL 化学数据库的非官方服务器

分类: 数据库第 2 / 58
Stars: ★ 89 热门
传输方式: stdio（本地进程）
运行环境: Node.js 16+ · Docker
凭据: 无需凭据
许可证: 其他 / 未声明
最近提交: 10 个月前 ⚠
工具数: 27

75FMRS · B

该服务器通过 27 个工具和资源模板将 ChEMBL 化学数据库接入 MCP 生态，覆盖化合物、靶点、活性、药物与性质分析，适合药物发现场景的研究人员。作为非官方项目，需注意许可证不确定、文档不一致及对 ChEMBL API 的依赖，建议先小规模验证再用于正式研究。

最强项 · 文档质量 18/20 最弱项 · 可靠性 12/20

可靠性

12/20

安全与权限

16/20

维护活跃度

14/20

文档质量

18/20

安装易用性

15/20

查看各项评分依据

可靠性 12/20: 该项目基于MCP SDK构建，提供了27个专业工具，但静态代码审查无法验证实际运行情况。没有看到测试文件或CI工作流证据，因此可靠性评分不会超过12。虽然工具声明与README描述一致，但缺乏错误处理和边界情况的测试证据。
安全与权限 16/20: 服务器通过标准HTTP请求与ChEMBL API通信，没有发现敏感凭证处理问题。使用axios进行API调用，设置了30秒超时，避免了长时间运行的潜在风险。没有发现危险操作的默认确认机制，但整体权限和数据边界管理良好。
维护活跃度 14/20: 项目有明确的MIT许可证，但未看到安全响应渠道。GitHub显示89个星标和2个开放问题，但无法确定提交频率和依赖更新情况。项目声明由Augmented Nature开发，但缺乏版本控制和发布历史的具体证据。
文档质量 18/20: README非常详细，提供了安装、使用、工具参数和示例的完整文档。包含Docker支持和客户端配置示例。文档披露了API限制（如请求超时）和错误处理策略，提供了足够的故障排除信息。
安装易用性 15/20: 安装步骤清晰，包括Node.js依赖和构建过程。提供了Docker支持，简化了部署。包含主流客户端（如Claude Desktop）的配置示例，但静态审查无法验证这些步骤在实际环境中的有效性。

静态评测 · 未实际运行收录于 2026-09-07

查看 FMRS 评分方法 →

选型与风险

能访问什么访问网络

适合谁

药物发现与计算化学研究人员
需要通过 AI 助手查询 ChEMBL 数据的生物信息学团队
熟悉 Node.js 或 Docker 的开发者

不适合谁

需要官方 ChEMBL 支持保障的生产环境（本项目为非官方）
无 Node.js/Docker 环境的用户
与 ChEMBL 无关的通用数据库任务

所需权限

需要访问 https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data 的出站网络请求
仅读取公开 API 数据，无需身份验证凭据

风险与副作用

非官方项目，许可证标注为 NOASSERTION（README 声称 MIT），许可状态需自行核实
数据准确性依赖 ChEMBL REST API，服务器可能存在解析或校验缺陷
30 秒请求超时可能限制大批量查询
README 中工具数量（22 与 27）不一致，文档可靠性存疑

安装接入

准备工作

运行环境：Node.js 16+ · Docker

克隆仓库
运行 npm install 安装依赖（需 Node.js v16+）
运行 npm run build 构建
在 MCP 客户端配置中添加 {"mcpServers":{"chembl":{"command":"node","args":["/path/to/chembl-server/build/index.js"]}}}
或使用 Docker：docker build -t chembl-mcp-server . 后 docker run -i chembl-mcp-server。

claude_desktop_config.json

{"mcpServers":{"chembl":{"command":"node","args":["/path/to/chembl-server/build/index.js"],"env":{}}}}

以 Claude Desktop 为例。其他客户端的配置文件位置或字段可能不同（如 VS Code 使用 servers 字段），可用下方配置生成器转换。

.vscode/mcp.json

{
  "servers": {
    "chembl": {
      "command": "node",
      "args": [
        "/path/to/chembl-server/build/index.js"
      ],
      "env": {}
    }
  }
}

写入项目的 .vscode/mcp.json（VS Code 使用 servers 字段）。

Terminal

claude mcp add chembl -- node /path/to/chembl-server/build/index.js

在终端运行；先把 <…> 占位符换成你自己的值。

生成并校验客户端配置

验证是否装好

启动服务器后，在客户端工具列表中应能看到 search_compounds 等工具；调用 search_compounds（query 为 aspirin）并返回 ChEMBL 结果即证明连接正常。

常见排障

确认 Node.js 版本为 v16 或更高且已运行 npm run build
检查对 ebi.ac.uk 的网络连通性与防火墙设置
验证 ChEMBL ID 格式（如 CHEMBL25）是否正确
大批量查询超时时降低 limit 或减少批量 ID 数量
查看 MCP 客户端日志获取具体错误信息

试试这样问

连接成功后，可以直接对 AI 助手这样说：

搜索名称为 aspirin 的化合物并显示前 5 个结果
给我 CHEMBL25 的详细信息，包括结构和理化性质
查找针对多巴胺受体 D2 的 IC50 生物活性数据
用 Tanimoto 相似度找出与 CHEMBL25 结构相似的化合物

工具能力 27

search_compounds 只读

按化合物名称、同义词或标识符搜索 ChEMBL 数据库

get_compound_info 只读

按 ChEMBL ID 获取化合物详细信息

search_by_inchi 只读

按 InChI key 或 InChI 字符串查找化合物

get_compound_structure 只读

以 SMILES、InChI、MOL、SDF 等格式获取化学结构

search_similar_compounds 只读

使用 Tanimoto 相似度查找化学相似化合物

search_targets 只读

按名称或类型搜索生物靶点

get_target_info 只读

按 ChEMBL 靶点 ID 获取详细靶点信息

get_target_compounds 只读

获取针对特定靶点测试过的化合物

展开其余 19 个工具

search_by_uniprot 只读

按 UniProt 登录号查找 ChEMBL 靶点

get_target_pathways 只读

获取与靶点相关的生物通路

search_activities 只读

搜索生物活性测量和实验结果

get_assay_info 只读

按 ChEMBL 实验 ID 获取详细实验信息

search_by_activity_type 只读

按活性类型和数值范围查找生物活性数据

get_dose_response 只读

获取剂量-反应数据和活性谱

compare_activities 只读

比较多个化合物的生物活性数据

search_drugs 只读

搜索已批准药物和临床候选药物

get_drug_info 只读

获取药物开发状态和临床试验信息

search_drug_indications 只读

搜索治疗适应症和疾病领域

get_mechanism_of_action 只读

获取作用机制和靶点相互作用数据

analyze_admet_properties 只读

分析 ADMET（吸收、分布、代谢、排泄、毒性）性质

calculate_descriptors 只读

计算分子描述符和理化性质

predict_solubility 只读

预测水溶性和渗透性

assess_drug_likeness 只读

使用 Lipinski 五规则等指标评估类药性

substructure_search 只读

查找包含特定子结构的化合物

batch_compound_lookup 只读

批量高效处理多个 ChEMBL ID（1-50 个）

get_external_references 只读

获取外部数据库（PubChem、DrugBank、PDB 等）链接

advanced_search 只读

带多个化学和生物学过滤条件的复杂查询

使用场景

按名称或 ChEMBL ID 查询化合物及其结构、性质

靶点分析与靶点相关化合物检索

IC50/Ki 等生物活性数据搜索与跨化合物比较

已批准药物、适应症与作用机制查询

ADMET、分子描述符、类药性评估等性质分析

相似度与子结构搜索、批量 ID 处理

支持客户端

Claude Desktop部分支持

依据项目文档列出，未经本站实测。

详细介绍

由 Augmented Nature 开发的非官方 MCP 服务器，基于 ChEMBL REST API 提供化合物检索、靶点分析、生物活性数据、药物开发信息和化学性质分析等 27 个专用工具，并通过 URI 模板直接访问 ChEMBL 数据。服务器通过 stdio 通信，需 Node.js v16+，支持 Docker 部署。注：README 描述与工具列表存在不一致（正文称 22 个工具，更新日志称 27 个）。