Galaxy MCP Server

官方

连接 Galaxy 生物信息学平台的 MCP 服务器

分类: 开发工具第 108 / 438
Stars: ★ 39 热门
传输方式: stdio（本地进程） · Streamable HTTP
运行环境: Python · Docker · Node.js
凭据: 需要 API Key / 凭据
许可证: MIT
最近提交: 7 天前

61FMRS · C

由 Galaxy Project 官方维护、MIT 许可的 MCP 服务器，基于 BioBlend 提供 Galaxy 连接、工具执行、工作流与历史管理、文件上传等功能，支持 stdio 与 streamable-http 传输及可选 OAuth 登录，并有完整测试套件。适合 Galaxy 用户将平台接入 AI 助手，但要求用户具备 Galaxy 实例访问凭据。

最强项 · 文档质量 14/20 最弱项 · 可靠性 9/20

可靠性

9/20

安全与权限

13/20

维护活跃度

12/20

文档质量

14/20

安装易用性

13/20

查看各项评分依据

可靠性 9/20: manifest 仅声明了一个 pypi 包（stdio 传输，uvx 启动，命令与环境变量清晰），但 README 描述的功能范围明显更广：HTTP/streamable-http 传输、OAuth 登录换取短期 API key、按会话隔离凭据、以及仓库内并行维护的 TypeScript 实现（galaxy-agent-tools），这些均未在 server.json 的 packages 中体现，manifest 与 README 之间存在能力不一致。README 提到“完整的基于 mock 的测试套件”，但未提供可核验的测试文件或 CI 工作流作为证据，属于未经证实的自述。按静态审查校准规则，在没有仓库内可验证的 CI/测试证据时可靠性上限为 12 分；由于存在 manifest/README 描述不一致且测试声明无法核实，进一步扣分至 9 分。
安全与权限 13/20: API key 环境变量正确标记为 isSecret，OAuth 流程用短期 Galaxy API key 换取长期凭据，且 README 说明多用户 HTTP 场景下凭据按会话隔离，这些是积极的安全设计信号。Docker/配置示例中使用占位符而非真实密钥，未发现红线问题（无恶意代码、无隐蔽外传、无编造的身份或测试结果）。但该服务器可执行 Galaxy 工具、管理工作流、上传文件并连接任意用户指定的 Galaxy 实例，README 未说明对潜在破坏性操作（如删除历史记录、执行工作流）是否有确认机制或权限范围限制，数据流转（本地文件、凭据、外部 Galaxy 服务器之间）披露也不完整，故未能给到更高分。
维护活跃度 12/20: 仓库归属知名生物信息学组织 galaxyproject，采用 MIT 许可证，版本号 1.4.0 显示存在迭代发布，仓库未被归档，37 星、19 个未关闭 issue 显示有一定活跃度。但提供的材料中没有变更日志、没有明确的发布节奏说明、没有安全响应渠道或维护者身份的直接证据，也没有 CI 配置可供核实持续集成情况，因此只能判定为“活跃但治理信息不完整”的中等水平。
文档质量 14/20: README 结构较完整，涵盖概念介绍、快速开始（stdio 与 HTTP+OAuth 两种模式）、PyPI 安装、源码安装、Docker 用法、Claude Desktop 接入示例等，并指向 Python 与 TypeScript 子项目的详细文档。但当前材料中缺少具体工具/参数级别的文档（如工具列表、输入输出模式）、限流或成本说明、以及专门的故障排查章节，属于“可用但存在文档空白”的水平。
安装易用性 13/20: 基础 stdio 模式的安装路径清晰：uvx 一条命令即可运行，并提供了 pip 安装、源码构建、Docker 运行以及 Claude Desktop 的具体配置示例，属于主流客户端的清晰配置流程。但 HTTP/OAuth 模式引入了额外的环境变量（PUBLIC_URL、SESSION_SECRET、TRANSPORT）和部署复杂度，增加了整体安装门槛；同时按静态审查规则，在缺乏可验证的 CI/测试证据时，安装易用性上限为 15 分，因此评为 13 分。

静态评测 · 未实际运行收录于 2026-09-07

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选型与风险

能访问什么读取本地文件访问网络修改第三方账户数据

适合谁

需要让 AI 助手操作 Galaxy 平台的生物信息学研究人员
Galaxy 实例管理员与常规 Galaxy 用户
希望自动化分析工作流的团队

不适合谁

不使用 Galaxy 平台的用户
无法提供 Galaxy 实例 URL 和 API 密钥的环境
需要非 Galaxy 通用生信分析的场景

所需权限

需要目标 Galaxy 实例的 URL（GALAXY_URL，必填）
需要 Galaxy API 密钥（GALAXY_API_KEY，必填且为敏感信息；OAuth 模式下可不设置）
OAuth 模式需要会话密钥（GALAXY_MCP_SESSION_SECRET）和公网 URL（GALAXY_MCP_PUBLIC_URL）

风险与副作用

API 密钥是敏感凭据，泄露后他人可访问你的 Galaxy 账户并执行分析
AI 执行的工具与工作流会消耗 Galaxy 计算资源
HTTP 远程部署会暴露服务端口，需妥善配置 OAuth 与会话密钥

安装接入

准备工作

运行环境：Python · Docker · Node.js

GALAXY_URL 必填要连接的 Galaxy 实例地址（如 https://usegalaxy.org），必填。

GALAXY_API_KEY 必填密钥 Galaxy 实例的 API 密钥，在 Galaxy 用户偏好设置中生成，必填（使用 OAuth 时可省略）。

GALAXY_MCP_SESSION_SECRET 可选密钥 HTTP + OAuth 模式下的会话密钥，可用 openssl rand -hex 32 生成。

其他可选配置项（2 个）

GALAXY_MCP_PUBLIC_URL 可选 HTTP + OAuth 模式下的公开基础 URL，用于 OAuth 重定向。

GALAXY_MCP_TRANSPORT 可选传输方式设置（如 streamable-http），用于容器部署切换传输协议。

通过 uvx 运行（uvx galaxy-mcp，默认 stdio 传输），或 pip install galaxy-mcp 后运行 galaxy-mcp，也可使用 Docker 镜像 galaxyproject/galaxy-mcp。设置必填环境变量 GALAXY_URL（Galaxy 实例地址）和 GALAXY_API_KEY（API 密钥）。HTTP 传输模式：uvx galaxy-mcp --transport streamable-http --host 0.0.0.0 --port 8000。Claude Desktop 用户可在 claude_desktop_config. 中添加 galaxy-mcp 服务器配置。

claude_desktop_config.json

{"mcpServers":{"galaxy-mcp":{"command":"uvx","args":["galaxy-mcp"],"env":{"GALAXY_URL":"https://usegalaxy.org","GALAXY_API_KEY":"SECRETS"}}}}

以 Claude Desktop 为例。其他客户端的配置文件位置或字段可能不同（如 VS Code 使用 servers 字段），可用下方配置生成器转换。

.vscode/mcp.json

{
  "servers": {
    "galaxy-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "galaxy-mcp"
      ],
      "env": {
        "GALAXY_URL": "https://usegalaxy.org",
        "GALAXY_API_KEY": "SECRETS"
      }
    }
  }
}

写入项目的 .vscode/mcp.json（VS Code 使用 servers 字段）。

Terminal

claude mcp add galaxy-mcp -e GALAXY_URL=https://usegalaxy.org -e GALAXY_API_KEY=SECRETS -- uvx galaxy-mcp

在终端运行；先把 <…> 占位符换成你自己的值。

生成并校验客户端配置

验证是否装好

在 Claude Desktop 的开发者菜单中确认 galaxy-mcp 显示为正在运行，然后让 AI "can you connect to galaxy"；若未配置环境变量，它会询问连接详情，成功后应能列出你的 Galaxy 服务器信息。

常见排障

确认 GALAXY_URL 和 GALAXY_API_KEY 已正确设置且指向目标 Galaxy 实例
在 Claude Desktop 中检查开发者菜单是否显示 galaxy-mcp 正在运行，必要时重启 Claude Desktop
未提供环境变量时可直接在对话中提供连接信息（如 API 密钥）
OAuth 登录需正确配置 GALAXY_MCP_PUBLIC_URL 和 GALAXY_MCP_SESSION_SECRET

试试这样问

连接成功后，可以直接对 AI 助手这样说：

你能连接到 Galaxy 吗？
给我的 histories 做一个摘要
搜索可以用于 RNA 测序分析的 Galaxy 工具
从 IWC 导入一个工作流到我的 Galaxy 实例

使用场景

通过对话搜索并执行 Galaxy 工具

从 IWC 导入并管理分析工作流

管理 Galaxy 历史记录与数据集

从本地上传文件到 Galaxy

多用户共享服务器且凭据按会话隔离

支持客户端

Claude Desktop

依据项目文档列出，未经本站实测。

详细介绍

Galaxy MCP Server 是由 Galaxy Project 维护的开源 MCP 服务器（MIT 许可证），让 AI 助手能够连接任意 Galaxy 实例，搜索并执行工具、管理工作流和历史记录、上传文件，并可选支持 OAuth 浏览器登录。Python 实现基于 BioBlend，另含 TypeScript 工作区（galaxy-agent-tools）提供 galaxy-cli 命令行工具和 Node 版 MCP 服务器。