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PubChem MCP Server

社区

通过 MCP 搜索 PubChem 化合物、性质、安全数据、生物活性和交叉引用。支持 STDIO 或流式 HTTP。

查看安装方法 ↓ 横向对比 GitHub 源仓库 ↗

分类: 数据库第 20 / 58
Stars: ★ 10 热门
传输方式: stdio（本地进程） · Streamable HTTP
运行环境: Bun 1.3.0+ · Node.js 24+ · Docker · 远程托管（无需本地环境）
凭据: 无需凭据
许可证: Apache-2.0
最近提交: 6 天前
工具数: 10

59FMRS · C

对于想要将 PubChem 数据集成到 AI 工作流中的用户来说，这是一个功能丰富且文档完整的服务器。它提供了全面的工具集和资源，操作简便。注意，它不是官方 PubChem 项目，公共端点是社区托管的。

最强项 · 文档质量 14/20 最弱项 · 可靠性 10/20

可靠性

10/20

安全与权限

12/20

维护活跃度

10/20

文档质量

14/20

安装易用性

13/20

查看各项评分依据

可靠性 10/20: README 描述了清晰的功能范围、速率限制、重试与错误处理，但仓库文件中未见真实 CI 工作流或提交的测试作为可验证的执行证据，静态评审上限为12；测试命令存在但无运行证据，实际握手与工具行为未经验证，扣分。
安全与权限 12/20: 只读查询、无需 API key、默认绑定 127.0.0.1、支持可选 JWT/OAuth，风险面小；但默认 MCP_AUTH_MODE=none，公开托管端点(https://pubchem.caseyjhand.com/mcp)的鉴权与运营方身份未在文件中披露，外部网络调用边界有披露但确认机制不完整。无红线问题。
维护活跃度 10/20: 版本 0.6.1 与 npm 包同步，Apache-2.0 许可，未归档，3 个开放 issue；但仅 9 star，未见发布节奏、安全响应渠道或依赖更新策略的证据，治理信息薄弱。
文档质量 14/20: 文档分层清晰：10 个工具逐一说明参数、分页上限、批量限制、3D 结构的 capping 行为，配置表完整，含 Docker 与故障排查线索；但描述版本号 0.6.0 与 manifest 0.6.1 不一致，且缺少实际 troubleshooting 示例与资源（如性能/成本限制）的更深入讨论。
安装易用性 13/20: 提供 Claude Desktop、Cursor、VS Code 一键安装链接、.mcpb 包、Docker 与本地 bunx 示例，步骤简短；但依赖 Bun 1.3+/Node 24+ 较新运行时，且 manifest 中 runtimeHint 为 bun 与通用 npx 示例存在轻微不一致，未提供验证安装成功的检查步骤。

静态评测 · 未实际运行收录于 2026-09-08

查看 FMRS 评分方法 →

选型与风险

能访问什么访问网络

适合谁

研究人员和开发人员需要将化学数据库查询集成到 LLM 驱动的工具中。
偏好公共托管端点的人和需要在本地运行 MCP 服务器的人。

不适合谁

需要丰富药物相互作用数据的临床应用（报道主要覆盖批准的药物）。
需要读写权限或数据写入功能的场景（本服务器仅为只读）。

所需权限

读取 PubChem 公共 API，无认证要求。
可选环境变量配置：MCP_LOG_LEVEL、MCP_HTTP_HOST、MCP_HTTP_PORT 等。

风险与副作用

公共托管实例的可用性可能变化（非官方）。
较深分页的搜索可能需要更多上游请求，可能达到速率限制。
错误处理依赖于远程服务的可靠性。

安装接入

准备工作

运行环境：Bun 1.3.0+ · Node.js 24+ · Docker · 远程托管（无需本地环境）

其他可选配置项（8 个）

MCP_TRANSPORT_TYPE 可选选择 stdio 或 http 传输方式，默认 stdio，无需获取。

MCP_HTTP_HOST 可选 HTTP 模式监听主机名，默认 127.0.0.1，可选。

MCP_HTTP_PORT 可选 HTTP 模式监听端口，默认 3010，可选。

MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH 可选 HTTP 端点路径，默认 /mcp，可选。

MCP_AUTH_MODE 可选认证模式 none/jwt/oauth，默认 none，可选。

MCP_LOG_LEVEL 可选日志级别（RFC 5424），默认 info，可选。

STORAGE_PROVIDER_TYPE 可选存储后端类型，默认 in-memory，可选。

OTEL_ENABLED 可选是否启用 OpenTelemetry 追踪，默认 false，可选。

安装 Bun（v1.3.0 或更高）后，在 MCP 客户端配置中添加如下 JSON（例如 claude_desktop_config.json）：使用 'stdio' 类型，命令为 'bunx'，参数为 ['@cyanheads/pubchem-mcp-server@latest']。无需 API 密钥。

claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "pubchem-mcp-server": {
      "type": "stdio",
      "command": "bunx",
      "args": [
        "@cyanheads/pubchem-mcp-server@latest"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    }
  }
}

以 Claude Desktop 为例。其他客户端的配置文件位置或字段可能不同（如 VS Code 使用 servers 字段），可用下方配置生成器转换。

.vscode/mcp.json

{
  "servers": {
    "pubchem-mcp-server": {
      "type": "stdio",
      "command": "bunx",
      "args": [
        "@cyanheads/pubchem-mcp-server@latest"
      ],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    }
  }
}

写入项目的 .vscode/mcp.json（VS Code 使用 servers 字段）。

Terminal

claude mcp add pubchem-mcp-server -e MCP_TRANSPORT_TYPE=stdio -- bunx @cyanheads/pubchem-mcp-server@latest

在终端运行；先把 <…> 占位符换成你自己的值。

生成并校验客户端配置

验证是否装好

在客户端连接后应看到 pubchem_search_compounds 等10个工具；提问“阿司匹林的分子量是多少？”若能返回PubChem数据则说明安装成功。

常见排障

确保安装了 Bun 或 Node.js 的兼容版本。
检查网络连接和防火墙设置（如果使用远程端点）。
使用较少的并行请求以避免速率限制。

试试这样问

连接成功后，可以直接对 AI 助手这样说：

搜索阿司匹林的PubChem化合物并返回CID
给我CID 2244的GHS安全数据和危害分类
获取咖啡因的2D结构图和3D构象坐标
查询CID 2244的生物活性谱，筛选Active结果的靶点

工具能力 10

pubchem_search_compounds 只读

按名称、SMILES、InChIKey、分子式、子结构、超结构或 2D 相似性搜索化合物。

pubchem_get_compound_details 只读

通过 CID 获取化合物的理化性质、描述、同义词、药物相似性和分类等信息。

pubchem_get_compound_image 只读

通过 CID 获取化合物的 2D 结构图（PNG 格式）。

pubchem_get_compound_3d_structure 只读

通过 CID 获取化合物的 3D 构象（原子坐标和键）信息。

pubchem_get_compound_xrefs 只读

获取化合物的外部数据库交叉引用（如 PubMed、专利、基因、蛋白质等）。

pubchem_get_compound_safety 只读

通过 CID 获取一个或多个化合物的 GHS 危险分类和安全数据（批量）。

pubchem_get_bioactivity 只读

获取化合物的生物活性概况：检测结果、靶点和活性值；可按结果或分子靶点过滤。

pubchem_get_compound_interactions 只读

获取化合物的药物-药物、药物-食物和化学-靶点相互作用。

展开其余 2 个工具

pubchem_search_assays 只读

按生物靶点（基因符号、蛋白质、基因 ID、UniProt 号）搜索生物检测。

pubchem_get_summary 只读

获取 PubChem 实体（检测、基因、蛋白质、分类）的摘要。

使用场景

药物发现与化学研究：搜索类似物、检查结构活性关系。

安全评估：获取 GHS 危险分类和安全数据。

生物信息学：在化合物与检测、基因和蛋白质之间建立联系。

支持客户端

Claude Desktop

Cursor

VS Code

依据项目文档列出，未经本站实测。

详细介绍

PubChem MCP 服务器是一个社区维护的服务器，让 AI 助手能够查询 PubChem 化学数据库。它提供了多个工具，用于按名称、结构等搜索化合物，获取详细信息、图像、3D 结构、外部引用、安全数据、生物活性、相互作用和实体摘要。还提供了一些资源，用于直接访问化合物和检测数据。支持流式 HTTP，可通过公共托管实例使用，也支持本地通过 stdio 或 HTTP 自托管。无需 API 密钥，所有工具均为只读。