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BioMCP

社区

统一的命令行语法，接入约30个可信生物医学数据源。

查看安装方法 ↓ 横向对比 GitHub 源仓库 ↗

分类: 其他第 2 / 230
Stars: ★ 654 非常热门
传输方式: stdio（本地进程） · Streamable HTTP
运行环境: 预编译二进制 · Docker · Python · Rust
凭据: 可选 API Key
许可证: MIT
最近提交: 今天
工具数: 11

75FMRS · B

BioMCP提供了一个强大的统一CLI和MCP服务器，用于生物医学数据搜索，具有广泛的实体支持和本地分析功能。MIT许可，无遥测，注重隐私。适用于需要高效访问可信生物医学数据的研究人员和临床医生。

最强项 · 维护活跃度 18/20 最弱项 · 可靠性 10/20

可靠性

10/20

安全与权限

16/20

维护活跃度

18/20

文档质量

17/20

安装易用性

14/20

查看各项评分依据

可靠性 10/20: 该服务器声明为只读生物医学搜索，通过PyPI包biomcp-cli 0.8.25以stdio方式运行。静态检查显示其结构清晰，仓库无未解决问题，但未提供可执行的CI配置或测试文件作为直接证据，因此无法确认关键路径的稳定性和错误处理。README中提及make lint、make test和make spec，但这些不能作为实际验证证据。所以可靠性得分限制在10。
安全与权限 16/20: 服务器明确声明只读操作，无遥测或分析，凭据通过环境变量（如API密钥）传递，不使用不可信来源。支持HTTP Host头限制和可选的自更新校验，未发现默认的破坏性操作。安装示例未包含真实令牌。风险主要是依赖外部API和本地数据处理，但均属常规。因此得分16。
维护活跃度 18/20: 仓库处于活跃状态，最近有发布（版本0.8.25），持续更新，MIT许可证清晰。GitHub未显示开放问题，表明维护响应良好。有版本化发布和更新机制。没有发现安全响应渠道的明确说明，但整体维护状态良好，故给18分。
文档质量 17/20: 提供了丰富的文档，包括安装、配置、使用示例、API密钥说明和故障排除。README中有多个章节和指向详细文档的链接。但文档中提及的“make verify”等命令可能存在矛盾（README中未明确列出），且未提供明确的成本或限制说明。文档总体良好，但存在一些隐含假设，因此给17分。
安装易用性 14/20: 安装方式多样：通过PyPI、Homebrew、Docker、源码和下载脚本。提供了MCP客户端配置示例（如Claude、Codex）。静态检查显示安装路径清晰，但未提供可验证的执行证据（如CI流水线），且从源码构建可能需要额外步骤。考虑到这些因素，得分为14。

静态评测 · 未实际运行收录于 2026-08-07

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选型与风险

能访问什么读取本地文件写入 / 删除本地文件访问网络

适合谁

生物医学研究人员
临床医生
使用AI代理进行生物医学文献检索和数据分析的用户

不适合谁

需要实时写入上游数据库的用户（只读）
需要闭源数据集直接访问的用户（如COSMIC不可直接集成）
需要无密钥访问所有高级功能的用户（部分需要API密钥）

所需权限

需要访问互联网以查询公共生物医学API
可选的API密钥（NCBI、Semantic Scholar、OpenFDA等）用于提高速率限制或解锁功能
本地读/写访问以存储技能、缓存和本地研究数据（`~/.local/share/biomcp`）

风险与副作用

上游API速率限制可能影响性能
某些数据源（如KEGG）的使用条款限制非学术用途
需要API密钥的功能（如OncoKB）在缺少密钥时可能不完整
本地安装的二进制文件需要定期更新以保持兼容

安装接入

准备工作

运行环境：预编译二进制 · Docker · Python · Rust

NCBI_API_KEY 可选密钥 NCBI API 密钥，用于提高 PubTator、PubMed、PMC OA 等接口的速率限制，在 NCBI 账户中申请。

S2_API_KEY 可选密钥 Semantic Scholar API 密钥，解锁专用配额（1 req/sec），提升文章 TLDR、引用和推荐功能的稳定性。

OPENFDA_API_KEY 可选密钥 OpenFDA API 密钥，用于提高 FAERS、MAUDE、药品标签等查询的速率限制。

NCI_API_KEY 可选密钥 NCI CTS API 密钥，仅在使用 `--source nci` 进行试验搜索时需要。

ONCOKB_TOKEN 可选密钥 OncoKB 访问令牌，启用 `biomcp variant oncokb` 的治疗与证据等级查询，需在 OncoKB 注册获取。

ALPHAGENOME_API_KEY 可选密钥 AlphaGenome API 密钥，用于变异效应预测。

DISGENET_API_KEY 可选密钥 DisGeNET API 密钥，启用基因和疾病查询中的评分疾病关联部分。

其他可选配置项（1 个）

BIOMCP_STUDY_DIR 可选本地研究数据集根目录路径，用于 study 系列命令的可复现数据位置；未设置时使用默认目录。

安装：uv tool install biomcp-cli（或pip install biomcp-cli，或二进制：curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash，或Homebrew：brew tap genomoncology/biomcp && brew install biomcp）。
验证：biomcp health --apis-only。
配置MCP客户端：对于Claude Desktop，使用JSON配置；对于Claude Code，使用/plugin marketplace add genomoncology/biomcp和/plugin install biomcp@biomcp；对于Codex，使用codex mcp add biomcp -- biomcp serve。
（可选）安装技能：biomcp skill install ~/.claude --force。

claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "biomcp",
      "args": ["serve"]
    }
  }
}

以 Claude Desktop 为例。其他客户端的配置文件位置或字段可能不同（如 VS Code 使用 servers 字段），可用下方配置生成器转换。

.vscode/mcp.json

{
  "servers": {
    "biomcp": {
      "command": "biomcp",
      "args": [
        "serve"
      ]
    }
  }
}

写入项目的 .vscode/mcp.json（VS Code 使用 servers 字段）。

Terminal

claude mcp add biomcp -- biomcp serve

在终端运行；先把 <…> 占位符换成你自己的值。

生成并校验客户端配置

验证是否装好

在客户端工具列表中应出现 biomcp 的 search、get、study 等工具；也可以先运行 `biomcp health --apis-only` 确认 API 连通，再向客户端提问 "BRAF V600E 的 ClinVar 意义是什么" 来验证真实返回。

常见排障

检查`biomcp health`以验证API连接
确保PATH中有`biomcp`，或使用完整路径
若使用Docker，确保容器端口映射正确
对于远程服务器，检查`--allowed-hosts`限制
查看官方文档<https://biomcp.org/>和GitHub Issues

试试这样问

连接成功后，可以直接对 AI 助手这样说：

搜索关于 BRAF 和黑色素瘤的文章，给我前 5 篇。
总结 BRAF V600E 变异在 ClinVar 中的临床意义和人群频率。
查找 pembrolizumab 的药物相互作用和相关临床试验。
用我的本地 msk_impact_2017 数据集统计 TP53 的突变情况并画出柱状图。

工具能力 11

search 只读

跨多个数据源搜索实体（文献、变异、试验等）。

get 只读

获取特定实体的详细信息，支持可选区块。

skill 只读

列出并安装引导式调查工作流。

discover 只读

解析概念以支持实体选择。

enrich 只读

使用g:Profiler进行基因集富集分析。

batch 只读

并行执行最多10个聚焦的get调用。

study 只读

对本地cBioPortal风格数据集执行查询、队列、生存、比较和共现分析。

health 只读

检查API连接和本地资源就绪状态。

展开其余 3 个工具

version 只读

显示版本和构建信息。

update 写入

自更新（带校验和验证）。

uninstall 破坏性

从~/.local/bin移除biomcp。

使用场景

需要快速概览BRAF在黑色素瘤中的公开证据（如`biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma`）。

获取BRAF V600E变异的ClinVar和人群频率详情（`biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population`）。

在本地数据集上进行研究级分析，如生存分析（`biomcp study ...`）。

通过文章引用、参考文献和推荐扩展文献证据图。

支持客户端

Claude Desktop

Claude Code

Codex

Other MCP stdio clients

依据项目文档列出，未经本站实测。

详细介绍

BioMCP 是一个基于单一命令语法的命令行工具，可访问 PubMed、ClinVar、ClinicalTrials.gov、OncoKB、Reactome 等约30个可信生物医学数据源。它同时也是一个 MCP（模型上下文协议）服务器，使得相同工具可供 Claude Code、Codex 和 Claude Desktop 等 AI 代理使用。BioMCP 通过统一查询界面整合了通常分散在不同 API、标识符和检索习惯中的数据源，研究人员、临床医生和代理可以使用相同的命令语法进行搜索、聚焦和转换，无需为每个数据源重建工作流。提供跨实时公共数据和本地研究分析的紧凑、证据导向的结果。