适合谁
- 需要严格区分证据与猜测的数学论文阅读者
- 希望让 AI agent 在本地 workspace 中协助梳理定理与依赖关系的研究人员
- 需要把阅读过程沉淀为可放进 Git 或笔记的 Markdown 产物的人
- 需要审阅外部引用再决定是否导入的工作流使用者
P
55FMRS · C
PaperGraph MCP 是一个 evidence-first 的数学论文阅读服务器，由个人仓库发布，采用 MIT 许可，通过 stdio 与 MCP client 通信。它的核心价值在于把论文结论、证明与引用都绑定到可回溯的 source span，并明确区分“有证据的链接”与“抽取限制”，适合需要严格审阅来源的数学阅读者，不适合期望自动证明、语义等价判断或无限引用爬取的用户。
PaperGraph MCP 是一个面向 AI agent 的本地化数学论文阅读工作流服务器。它把 arXiv 论文、本地 LaTeX 项目和 born-digital PDF 转换成以定理为中心的本地 workspace，让研究者能追溯每条结论的来源：提取 result、追踪 proof 证据、规划阅读顺序、审阅外部依赖，并在本地保存阅读进度。它通过 stdio 与 MCP client 通信，workspace 是普通的本地 SQLite 文件，v1.1.3 起还新增了 Scholarly Reference Resolver，可对受阻引用检索 Crossref、OpenAlex 和 arXiv 的公开元数据。
工具能力
open_workspace
打开一个本地 SQLite workspace
workspace_add_local_paper
向 workspace 添加本地 LaTeX 论文
workspace_add_arxiv_paper
通过 arXiv ID 向 workspace 添加论文
workspace_add_pdf_paper
向 workspace 添加 PDF 论文
workspace_list_papers
列出 workspace 中的论文
workspace_get_paper
获取单篇论文的详细信息
workspace_search_theorems
在 workspace 中搜索定理类结果
workspace_get_dependencies
获取某结果的依赖关系
workspace_get_dependency_diagnostics
获取依赖抽取的诊断信息
workspace_get_citations
获取论文的引用关系，可包含未解析引用
workspace_get_paper_map
生成 Paper Map：主结果候选、结构与外部阅读风险
workspace_export_paper_reading_report
导出单篇论文的 Markdown 阅读报告
workspace_export_cross_paper_reading_plan
导出跨论文的 Markdown 阅读计划
workspace_plan_starter_project
规划入门项目，生成 START_HERE.md 与 starter manifest
workspace_bootstrap_reading_project
按显式论文输入引导创建阅读项目产物
workspace_list_results
列出已抽取的定理类结果
workspace_get_result
获取单个结果的内容
workspace_get_result_proof
获取某结果的证明证据
workspace_get_proof_dependencies
获取证明中的依赖证据
workspace_get_external_result_mentions
获取对外部结果的提及
workspace_get_evidence
获取带 source span 的证据
workspace_export_reading_bundle
导出阅读所需的证据打包内容
workspace_export_result_reading_context
导出某个结果的阅读上下文
workspace_get_source_slice
从原文中切出对应的 source slice
workspace_get_result_reading_path
获取某结果的阅读路径
workspace_create_reading_session
创建阅读会话
workspace_list_reading_sessions
列出阅读会话
workspace_get_reading_session
获取阅读会话详情
workspace_record_reading_checkpoint
记录阅读检查点
workspace_add_reading_note
为阅读会话添加笔记
workspace_export_reading_session_summary
导出阅读会话摘要
workspace_create_reading_queue
根据本地证明证据生成阅读队列
workspace_list_reading_queues
列出阅读队列
workspace_get_reading_queue
获取阅读队列详情
workspace_apply_reading_queue_to_session
把阅读队列应用到阅读会话
workspace_plan_external_imports_for_result
为某个结果规划外部引用导入
workspace_plan_external_imports_for_queue
为阅读队列规划外部引用导入
workspace_plan_external_imports_for_paper
为整篇论文规划外部引用导入
workspace_search_external_reference
对被阻塞引用检索 Crossref、OpenAlex 和 arXiv 元数据
workspace_list_external_reference_searches
列出外部引用检索记录
workspace_resolve_external_reference_candidate
把选定的检索候选应用为引用闭环
workspace_resolve_external_reference
用 DOI、URL、出版信息或本地 PDF 解析被阻塞引用
workspace_list_external_reference_resolutions
列出外部引用解析记录
get_environment_diagnostics
输出环境诊断信息
validate_arxiv_request
校验 arXiv 输入并给出处理建议，不加载论文
load_arxiv_request
校验并加载 arXiv 论文的高级入口
validate_arxiv_input
校验 arXiv 输入
load_paper
加载本地论文
load_arxiv_paper
按已消歧的 arXiv ID 加载论文
list_theorems
列出论文中的定理类结果
get_theorem
获取单个定理
get_dependencies
获取定理依赖
get_dependency_diagnostics
获取依赖诊断信息
where_used
查询某结果被哪些地方引用
安装接入
- 安装 uv（参见 uv 官方安装文档）。
- 先用固定版本验证安装：uvx --from git+https://github.com/lotchuazzz-crypto/[email protected] papergraph-mcp --version 与 ... papergraph-mcp doctor。
- 在支持 JSON 风格 stdio 配置的 MCP client 中添加 mcpServers.papergraph 配置（command 为 uvx，args 指向上面固定的 v1.1.3 版本）。
- 修改配置后重启 MCP client。
- 该 server 使用 stdio，直接运行而不带 --help 或 --version 时会安静等待 client 连接。
- 若已有本地 clone，先运行 git fetch --tags origin，否则可能停留在旧的 origin/main。
claude_desktop_config.json
{
"mcpServers": {
"papergraph": {
"command": "uvx",
"args": ["--from", "git+https://github.com/lotchuazzz-crypto/[email protected]", "papergraph-mcp"]
}
}
}
选型与风险
不适合谁
- 希望工具自动证明或验证数学结论正确性的人
- 希望自动无限爬取引用链（A 引 B、B 引 C）的人
- 需要语义定理匹配、判断措辞相似结果是否等价的人
- 扫描版或 OCR 质量很差的 PDF 用户（抽取结果可能稀疏）
- 处理复杂 TeX 项目却期望完整 TeX 引擎能力的人
所需权限
- 在用户指定的本地路径读写 SQLite workspace 文件
- 读取用户提供的本地 LaTeX 项目与本地 PDF 文件
- 访问 arXiv 固定 e-print 端点下载电子版论文
- 在用户执行引用检索时，向 Crossref、OpenAlex 和 arXiv 的公开元数据服务发起查询
- 在用户指定的 artifact 目录写入生成的 Markdown 报告与 manifest 文件
风险与副作用
- workspace 中会保存从论文抽取的文本、source span 与证明证据；若把本地数据库或私有手稿提交到版本库会泄露内容
- Scholarly Reference Resolver 只检索公开元数据，遇到模糊候选、过老文献、付费墙或仅书目信息时会停在边界，需要人工补充来源
- 空依赖结果只能解释为在该规则下没有可解析的定理标签引用，并不代表该定理没有数学依赖
- 扫描版 PDF 抽取稀疏可能导致证据缺失
- 解析器不是完整 TeX 引擎，复杂项目可能需要显式指定 main_file
常见排障
- 运行 papergraph-mcp doctor 或 get_environment_diagnostics 检查环境
- 确认固定的是 v1.1.3 标签以保持可复现安装
- 直接运行命令没有输出是正常的：server 使用 stdio，在等待 MCP client 连接
- 修改 MCP client 配置后需要重启 client
- 若已有旧 clone，先运行 git fetch --tags origin 再判断是否最新
- 若 validate_arxiv_request 返回 action: ask_user_to_choose，应先让用户选择，不要继续加载
- 解析结果异常时用 workspace_get_dependency_diagnostics 与 Evidence Triage 查看抽取稀疏原因
使用场景
加载 arXiv 论文、本地 LaTeX 项目或 born-digital PDF，并生成 Paper Map
查看定理陈述、证明证据、source slice 与依赖诊断
根据本地证明证据生成阅读队列并保存阅读会话与检查点
导出确定性的 Markdown Reading Report 作为阅读交接产物
对显式给定的一组相关论文导出 Cross-Paper Reading Plan
对被阻塞的外部引用检索公开元数据，并在用户确认后闭环导入
支持客户端
MCP clients accepting JSON-style stdio configuration完整支持