适合谁
- 需要程序化访问 PubMed 或 Europe PMC 的研究人员和生物医学代理
- 需要结构化文献元数据、全文和引文输出的工作流
- 需要处理 DOI、PMID 和 PMCID 的文献管理任务
I
65FMRS · C
来源显示该服务器提供 11 个面向 PubMed、PMC 和 Europe PMC 的工具、1 个资源和 1 个提示，支持 STDIO 与 Streamable HTTP；它适合生物医学文献检索与整理，不应被描述为上游官方服务器。
@cyanheads/pubmed-mcp-server 是一个 Apache-2.0 许可的 MCP 服务器，可搜索 PubMed 和 Europe PMC，获取文章元数据与全文，生成引文，探索 MeSH 词汇，并转换 DOI、PMID 和 PMCID。支持 STDIO 与 Streamable HTTP，并提供公共托管实例。
工具能力
pubmed_search_articles
使用 PubMed 完整查询语法、字段筛选、日期范围、排序和分页搜索文章。
pubmed_europepmc_search
搜索 Europe PMC，包括 PubMed、PMC、预印本、专利和 Agricola 记录。
pubmed_europepmc_fetch
按 source 与 epmcId 获取完整 Europe PMC 记录和未截断摘要。
pubmed_fetch_articles
按 PMID 批量获取文章标题、摘要、作者、期刊、DOI、MeSH 词和资助信息等元数据。
pubmed_fetch_fulltext
按 PMID、PMCID 或 DOI，通过 PMC、Europe PMC 和可选的 Unpaywall 获取全文。
pubmed_format_citations
以 APA 7、MLA 9、BibTeX、RIS 或 Vancouver 格式生成引文。
pubmed_find_related
查找相似文章、引用给定文章的文章或给定文章引用的参考文献。
pubmed_spell_check
使用 NCBI ESpell 检查生物医学查询拼写并返回建议。
pubmed_lookup_mesh
搜索和探索 MeSH 词汇，包括树号、范围说明和入口词。
pubmed_lookup_citation
通过期刊、年份、卷、起始页和作者等字段将部分书目信息解析为 PMID。
pubmed_convert_ids
使用 PMC ID Converter 在 DOI、PMID 和 PMCID 之间转换标识符。
安装接入
可直接将 install_config 中的 Streamable HTTP 配置加入支持 MCP 的客户端。也可使用 bunx 或 npx 运行 npm 包的 STDIO 模式，或按 README 使用 Docker；本地 HTTP 默认监听 http://localhost:3010/mcp。
claude_desktop_config.json
{"mcpServers":{"pubmed-mcp-server":{"type":"streamable-http","url":"https://pubmed.caseyjhand.com/mcp"}}}
选型与风险
不适合谁
- 需要非生物医学数据库检索的用户
- 需要保证所有文章均可获取全文的工作流
- 需要将其视为 PubMed 或 NCBI 官方服务器的用户
所需权限
- 需要访问 NCBI 服务；Europe PMC 功能启用时需要访问 Europe PMC。
- 使用 Unpaywall 全文回退时需要设置 UNPAYWALL_EMAIL，并访问 Unpaywall。
- 使用 API 密钥或联系邮箱属于可选配置；NCBI_API_KEY 可提高速率限制。
- Streamable HTTP 部署可配置 none、jwt 或 oauth 认证，默认认证模式为 none。
风险与副作用
- 全文获取取决于 PMC、Europe PMC 或合法开放获取来源，可能返回不可用或截断结果。
- Unpaywall 结果可能带有最佳努力警告，且内容格式可能是 HTML Markdown 或 PDF 文本。
- 公共托管实例的认证状态和可用性未在来源中进一步说明。
- NCBI 和 Europe PMC 请求受速率限制、超时和重试配置影响。
常见排障
- 确认客户端使用正确的 Streamable HTTP 地址 https://pubmed.caseyjhand.com/mcp。
- 本地 STDIO 运行时确认已安装 Bun，或使用 README 所示的 npx 配置。
- 全文不可用时检查输入是否为 PMID、PMCID 或 DOI，并查看 unavailable、triedTiers 和结构化原因。
- Europe PMC 工具未出现时检查 EUROPEPMC_ENABLED 是否被设置为 false。
- 遇到 NCBI 限流时可配置 NCBI_API_KEY，并检查请求延迟和超时设置。
使用场景
检索和筛选生物医学文献
获取文章元数据、摘要和可用全文
生成多种格式的参考文献
使用 MeSH 词汇改进 PubMed 查询
查找相关、引用和被引用文章
支持客户端
Claude Desktop完整支持
Cursor完整支持
VS Code完整支持