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Pubmed MCP Server

社区

通过 MCP 检索 PubMed 与 Europe PMC 生物医学文献。

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分类: 其他第 38 / 230
Stars: ★ 163 非常热门
传输方式: stdio（本地进程） · Streamable HTTP
运行环境: 远程托管（无需本地环境） · Bun 1.3.2+ · Node.js · Docker
凭据: 无需凭据
许可证: Apache-2.0
最近提交: 15 天前
工具数: 11

65FMRS · C

来源显示该服务器提供 11 个面向 PubMed、PMC 和 Europe PMC 的工具、1 个资源和 1 个提示，支持 STDIO 与 Streamable HTTP；它适合生物医学文献检索与整理，不应被描述为上游官方服务器。

最强项 · 文档质量 16/20 最弱项 · 可靠性 9/20

可靠性

9/20

安全与权限

13/20

维护活跃度

13/20

文档质量

16/20

安装易用性

14/20

查看各项评分依据

可靠性 9/20: 静态材料显示服务器声明了11个工具、资源和提示，并描述了分层重试、超时、部分失败及结构化错误；但未提供可审阅的实现源码、CI工作流或已提交测试证据，无法验证MCP初始化、工具列表一致性、启动命令和关键边界行为。因此仅认可路径合理性，因执行可复现性和依赖行为缺乏证据而扣分。
安全与权限 13/20: 材料显示默认HTTP绑定127.0.0.1，支持none/jwt/oauth认证，凭据通过环境变量传递，且没有删除、支付、部署或远程命令工具；外部请求范围明确包括NCBI、Europe PMC和Unpaywall。但HTTP认证默认关闭，公共托管实例未说明访问控制、数据保留或隔离策略，查询和联系邮箱会发送到外部服务，且未提供最小权限和确认机制的实现证据。因此主要风险可见但权限边界和数据流控制不完整。
维护活跃度 13/20: 项目声明Apache-2.0许可证，当前版本为2.10.2，仓库未归档且公开问题数为0；README还提供贡献和检查命令。这支持存在维护意图和基本版本路径，但给定材料没有提交频率、发布历史、依赖更新、漏洞披露渠道或明确安全响应流程。因持续维护和治理证据不足而扣分。
文档质量 16/20: README覆盖安装方式、STDIO与Streamable HTTP、客户端配置、工具清单、环境变量、批量上限、分页、全文回退链、截断策略、失败状态和已知全文限制，文档可审阅性较好。扣分项包括认证模式的实际配置步骤不足、缺少成本/速率风险和系统化故障排查说明，且README和manifest本身不能替代源码验证。
安装易用性 14/20: 提供公共HTTP地址、Bun、npx、Docker及多个主流客户端配置示例，运行时和主要环境变量也有说明，整体可操作。扣分原因是HTTP认证部署、反向代理和生产安全配置不够具体，manifest中的Bun包参数与README中的直接bunx/npx示例缺乏源码或测试证据确认，跨平台兼容性也未证明。

静态评测 · 未实际运行收录于 2026-07-30

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选型与风险

能访问什么访问网络

适合谁

需要程序化访问 PubMed 或 Europe PMC 的研究人员和生物医学代理
需要结构化文献元数据、全文和引文输出的工作流
需要处理 DOI、PMID 和 PMCID 的文献管理任务

不适合谁

需要非生物医学数据库检索的用户
需要保证所有文章均可获取全文的工作流
需要将其视为 PubMed 或 NCBI 官方服务器的用户

所需权限

需要访问 NCBI 服务；Europe PMC 功能启用时需要访问 Europe PMC。
使用 Unpaywall 全文回退时需要设置 UNPAYWALL_EMAIL，并访问 Unpaywall。
使用 API 密钥或联系邮箱属于可选配置；NCBI_API_KEY 可提高速率限制。
Streamable HTTP 部署可配置 none、jwt 或 oauth 认证，默认认证模式为 none。

风险与副作用

全文获取取决于 PMC、Europe PMC 或合法开放获取来源，可能返回不可用或截断结果。
Unpaywall 结果可能带有最佳努力警告，且内容格式可能是 HTML Markdown 或 PDF 文本。
公共托管实例的认证状态和可用性未在来源中进一步说明。
NCBI 和 Europe PMC 请求受速率限制、超时和重试配置影响。

安装接入

准备工作

运行环境：远程托管（无需本地环境） · Bun 1.3.2+ · Node.js · Docker

NCBI_API_KEY 可选密钥 NCBI API key，可从 NCBI 账户设置页免费申请，用于将速率限制从 3 req/s 提升到 10 req/s，可选。

其他可选配置项（24 个）

MCP_TRANSPORT_TYPE 可选选择 stdio 或 http 传输方式，默认 stdio。

MCP_LOG_LEVEL 可选日志最低级别（如 debug、info、warn），默认 info。

MCP_HTTP_HOST 可选 HTTP 服务器监听的主机名，默认 127.0.0.1。

MCP_HTTP_PORT 可选 HTTP 服务器端口，默认 3010（README 配置表另有 3010 的写法，以实际为准）。

MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH 可选 MCP 挂载的端点路径，默认 /mcp。

MCP_PUBLIC_URL 可选部署在 TLS 反向代理后时覆盖公开来源（如 https://mcp.example.com）。

MCP_AUTH_MODE 可选认证模式：none、jwt 或 oauth，默认 none。

NCBI_ADMIN_EMAIL 可选随 NCBI 请求发送的联系邮箱（NCBI 推荐），可选。

NCBI_REQUEST_DELAY_MS 可选 NCBI 请求之间的最小间隔毫秒数，默认 334（有 key 时 100）。

NCBI_MAX_CONCURRENT 可选 NCBI 最大并发在途请求数，默认 8。

NCBI_MAX_RETRIES 可选 NCBI 请求失败重试次数，默认 6。

NCBI_TIMEOUT_MS 可选单个 NCBI 请求超时毫秒数，默认 30000。

NCBI_TOTAL_DEADLINE_MS 可选单次 NCBI 调用所有重试的总时限毫秒数，默认 60000。

UNPAYWALL_EMAIL 可选 Unpaywall 联系邮箱（在 unpaywall.org 注册），设置后 pubmed_fetch_fulltext 对不在 PMC 的 DOI 回退到开放获取副本。

UNPAYWALL_TIMEOUT_MS 可选 Unpaywall 请求超时毫秒数，默认 20000。

EUROPEPMC_ENABLED 可选是否启用 Europe PMC 搜索工具及全文回退链，设为 false 可禁用。

EUROPEPMC_EMAIL 可选随 Europe PMC 请求发送的联系邮箱（EBI 礼节），可选。

EUROPEPMC_REQUEST_DELAY_MS 可选 Europe PMC 请求最小间隔毫秒数，默认 200。

EUROPEPMC_MAX_RETRIES 可选 Europe PMC 请求失败重试次数，默认 3。

EUROPEPMC_TIMEOUT_MS 可选 Europe PMC 请求超时毫秒数，默认 20000。

LOGS_DIR 可选日志文件目录（仅 Node.js），默认 <项目根>/logs。

STORAGE_PROVIDER_TYPE 可选存储后端：in-memory、filesystem、supabase 或 cloudflare-kv/r2/d1，默认 in-memory。

MCP_GC_PRESSURE_INTERVAL_MS 可选 Bun 专用强制 GC 压力循环间隔（毫秒），默认 0（禁用）。

OTEL_ENABLED 可选是否启用 OpenTelemetry 追踪，默认 false。

可直接将 install_config 中的 Streamable HTTP 配置加入支持 MCP 的客户端。也可使用 bunx 或 npx 运行 npm 包的 STDIO 模式，或按 README 使用 Docker；本地 HTTP 默认监听 http://localhost:3010/mcp。

claude_desktop_config.json

{"mcpServers":{"pubmed-mcp-server":{"type":"streamable-http","url":"https://pubmed.caseyjhand.com/mcp"}}}

以 Claude Desktop 为例。其他客户端的配置文件位置或字段可能不同（如 VS Code 使用 servers 字段），可用下方配置生成器转换。

.vscode/mcp.json

{
  "servers": {
    "pubmed-mcp-server": {
      "type": "streamable-http",
      "url": "https://pubmed.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

写入项目的 .vscode/mcp.json（VS Code 使用 servers 字段）。

Terminal

claude mcp add --transport http pubmed-mcp-server https://pubmed.caseyjhand.com/mcp

在终端运行；先把 <…> 占位符换成你自己的值。

生成并校验客户端配置

验证是否装好

连接后在客户端工具列表中应出现 pubmed_search_articles 等 11 个 pubmed_* 工具；运行一次搜索（如"搜索 pmid 36925698 的文章"），pubmed_search_articles 或 pubmed_fetch_articles 返回结果即证明连接成功。

常见排障

确认客户端使用正确的 Streamable HTTP 地址 https://pubmed.caseyjhand.com/mcp。
本地 STDIO 运行时确认已安装 Bun，或使用 README 所示的 npx 配置。
全文不可用时检查输入是否为 PMID、PMCID 或 DOI，并查看 unavailable、triedTiers 和结构化原因。
Europe PMC 工具未出现时检查 EUROPEPMC_ENABLED 是否被设置为 false。
遇到 NCBI 限流时可配置 NCBI_API_KEY，并检查请求延迟和超时设置。

试试这样问

连接成功后，可以直接对 AI 助手这样说：

在 PubMed 中搜索 2023 年以来关于 CAR-T 细胞治疗实体瘤的临床试验，并给出前几条的简要摘要。
获取 PMID 36925698 的完整元数据，包括摘要、作者和 MeSH 主题词。
帮我抓取这篇 DOI 为 10.1038/s41586-023-06694-4 的文章全文，如果 PMC 没有就走 Unpaywall。
把这几篇 PMID 的参考文献整理成 APA 第 7 版和 BibTeX 格式。

工具能力 11

pubmed_search_articles 只读

使用 PubMed 完整查询语法、字段筛选、日期范围、排序和分页搜索文章。

pubmed_europepmc_search 只读

搜索 Europe PMC，包括 PubMed、PMC、预印本、专利和 Agricola 记录。

pubmed_europepmc_fetch 只读

按 source 与 epmcId 获取完整 Europe PMC 记录和未截断摘要。

pubmed_fetch_articles 只读

按 PMID 批量获取文章标题、摘要、作者、期刊、DOI、MeSH 词和资助信息等元数据。

pubmed_fetch_fulltext 只读

按 PMID、PMCID 或 DOI，通过 PMC、Europe PMC 和可选的 Unpaywall 获取全文。

pubmed_format_citations 只读

以 APA 7、MLA 9、BibTeX、RIS 或 Vancouver 格式生成引文。

pubmed_find_related 只读

查找相似文章、引用给定文章的文章或给定文章引用的参考文献。

pubmed_spell_check 只读

使用 NCBI ESpell 检查生物医学查询拼写并返回建议。

展开其余 3 个工具

pubmed_lookup_mesh 只读

搜索和探索 MeSH 词汇，包括树号、范围说明和入口词。

pubmed_lookup_citation 只读

通过期刊、年份、卷、起始页和作者等字段将部分书目信息解析为 PMID。

pubmed_convert_ids 只读

使用 PMC ID Converter 在 DOI、PMID 和 PMCID 之间转换标识符。

使用场景

检索和筛选生物医学文献

获取文章元数据、摘要和可用全文

生成多种格式的参考文献

使用 MeSH 词汇改进 PubMed 查询

查找相关、引用和被引用文章

支持客户端

Claude Desktop

Cursor

VS Code

依据项目文档列出，未经本站实测。

详细介绍

@cyanheads/pubmed-mcp-server 是一个 Apache-2.0 许可的 MCP 服务器，可搜索 PubMed 和 Europe PMC，获取文章元数据与全文，生成引文，探索 MeSH 词汇，并转换 DOI、PMID 和 PMCID。支持 STDIO 与 Streamable HTTP，并提供公共托管实例。