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ClawBio

官方

面向生物信息学的本地优先 AI 技能库

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分类: 其他第 51 / 230
Stars: ★ 1.2k 非常热门
传输方式: stdio（本地进程）
运行环境: Python 3.11+
凭据: 无需凭据
许可证: 其他 / 未声明
最近提交: 今天

63FMRS · C

来源显示 ClawBio 提供版本 0.6.1 的 PyPI MCP 包和 stdio 配置示例。服务器默认使用演示数据，并提供可选的本地文件访问开关；来源未列出具体 MCP 工具名称。

最强项 · 文档质量 14/20 最弱项 · 可靠性 10/20

可靠性

10/20

安全与权限

14/20

维护活跃度

12/20

文档质量

14/20

安装易用性

13/20

查看各项评分依据

可靠性 10/20: Manifest明确声明PyPI包、stdio传输和MCP入口参数，README提供客户端配置及大量演示命令；但仅凭静态材料无法验证MCP初始化、工具列表或实际工具行为。README所称测试数量和“全绿”未提供可审查的具体CI证据，且manifest版本0.6.1与README标注的0.5.0存在版本不一致，因此扣分。
安全与权限 14/20: 默认仅运行演示数据，并通过显式环境变量开启本地文件读写，manifest也说明该边界；外部托管推理和Galaxy远程执行被披露，Galaxy需要API密钥，未见安装示例中的真实秘密。扣分项是缺少逐工具权限、敏感基因组数据流、远程操作确认和错误隔离的可审查细节，且部分接口可处理临床或个人基因数据。
维护活跃度 12/20: 仓库未归档，manifest和README显示有版本发布、CI徽章、贡献指南、MIT许可证及公开仓库归属，说明项目具备维护基础。扣分项是没有提供可核验的提交频率、发行历史、依赖更新策略、安全响应渠道或问题处理证据；manifest标为NOASSERTION而README称MIT，也存在治理信息不一致。
文档质量 14/20: README覆盖安装、客户端配置、运行模式、技能范围、数据边界、外部服务和可复现性，并给出多个命令示例。扣分项是缺少可审查的MCP工具清单、参数与返回结构、错误处理、兼容性矩阵、费用/速率限制和系统化故障排查；版本与能力描述也有不一致。
安装易用性 13/20: 提供Python、pip、conda、uvx以及多个主流客户端的stdio配置，步骤总体简短，并说明Python版本和可选环境变量。扣分项是未提供实际MCP握手或客户端连接的提交证据，部分技能依赖额外工具，完整能力还需要源码或外部服务配置，因此不能按静态证据给出更高分。

静态评测 · 未实际运行收录于 2026-08-14

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选型与风险

能访问什么执行命令或代码访问网络

适合谁

需要本地优先、可复现生物信息学工作流的研究人员
希望让 AI agent 编排已有生物信息学技能的用户
使用演示数据学习基因组分析流程的开发者

不适合谁

需要通用数据库、云存储或浏览器自动化的用户
寻求临床诊断或医疗处方的用户
希望默认直接访问患者基因组文件的场景

所需权限

默认仅运行演示数据
设置 CLAWBIO_MCP_ALLOW_LOCAL_FILES=1 后，技能可读写本地文件
部分技能会访问外部注释、基因组或 Galaxy 服务；具体取决于所调用技能

风险与副作用

药物基因组学和临床变异结果不应替代专业医疗判断
启用本地文件访问后，输入和输出文件可能被技能处理或写入
调用外部 API 或 Galaxy 的技能可能将相关查询或数据发送到外部服务
部分复现需要原始外部输入或外部工具仍然可用

安装接入

准备工作

运行环境：Python 3.11+

GALAXY_API_KEY 可选密钥可选的 Galaxy API 密钥，仅在通过 Galaxy Bridge 技能远程执行 Galaxy 工具时需要，来自 usegalaxy.org 账户设置。

其他可选配置项（1 个）

CLAWBIO_MCP_ALLOW_LOCAL_FILES 可选设为 1 才允许技能读写本地文件；不设置时仅运行演示数据，保护本机基因组数据。

安装 Python 3.11+ 后，使用配置中的 uvx 命令接入支持 MCP 的客户端。默认运行演示数据；如需技能读写本地文件，可设置 CLAWBIO_MCP_ALLOW_LOCAL_FILES=1。

.cursor/mcp.json

{"mcpServers":{"clawbio":{"command":"uvx","args":["--from","clawbio[mcp]","clawbio","mcp"]}}}

以 Cursor 为例。其他客户端的配置文件位置或字段可能不同（如 VS Code 使用 servers 字段），可用下方配置生成器转换。

.vscode/mcp.json

{
  "servers": {
    "clawbio": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "clawbio[mcp]",
        "clawbio",
        "mcp"
      ]
    }
  }
}

写入项目的 .vscode/mcp.json（VS Code 使用 servers 字段）。

Terminal

claude mcp add clawbio -- uvx --from 'clawbio[mcp]' clawbio mcp

在终端运行；先把 <…> 占位符换成你自己的值。

生成并校验客户端配置

验证是否装好

在客户端的 MCP 服务器列表中确认 clawbio 已启动（通过 uvx --from clawbio[mcp] clawbio mcp 运行），然后用演示数据请求 PharmGx 报告，能返回 CYP2D6 等基因分型结果即证明连接成功。

常见排障

确认已安装 Python 3.11+ 并且 uvx 可用
检查客户端配置中的命令、参数和 JSON 格式
先使用默认演示模式验证服务器连接
如需访问本地文件，确认已设置 CLAWBIO_MCP_ALLOW_LOCAL_FILES=1
需要外部服务的技能应检查相应服务、工具和凭据是否已配置

试试这样问

连接成功后，可以直接对 AI 助手这样说：

用演示数据运行 PharmGx 报告，展示药代谢基因分型和用药建议
查询 rs3798220 在 GWAS Catalog、gnomAD 和 ClinVar 中的关联信息
对我的演示基因数据做 ancestry PCA 并生成报告
在 UK Biobank 中搜索测量握力的字段

使用场景

运行药物基因组学和变异注释分析

查询 GWAS、ClinVar、gnomAD 等基因组数据库

执行祖源 PCA、PRS、单细胞和 RNA-seq 工作流

生成包含命令、环境信息和校验和的可复现分析输出

支持客户端

Cursor部分支持

Zed部分支持

VS Code部分支持

Claude Desktop部分支持

依据项目文档列出，未经本站实测。

详细介绍

ClawBio 是一个面向生物信息学的 AI agent 技能库，覆盖药物基因组学、GWAS、变异解读、祖源分析、单细胞和 RNA-seq。MCP 服务器通过本地 stdio 运行，默认仅使用演示数据，并声明不会将基因组数据发送到机器外部。